На севере Эквестрии, на широкой равнине, в окружении лесов, стоит величественная Гора Аиония - объект множества слухов и легенд. Трое пони, заканчивающих обучение в университете, организовывают маленькую экспедицию к горе, утверждая, что они смогли найти местоположение потерянного Города, который они прозвали "Город-под-Горой". Но если город действительно замурован в горе, не значит ли это, что на то были причины?
Все изменилось, когда Твайлайт вернулась с новостями о народах и культурах, лежащих вне знакомого всем пони безмятежного мирка. Помощь и добровольцы были предложены осажденным людям Земли, поскольку каждый эквестриец знает, что друзья должны помогать друг другу. Увы, новые друзья порой также означают и новых врагов. Когда атаковавшие людей монстры нанесли удар по Эквестрии с жестокостью, не виданной тысячелетиями, зов о помощи был отправлен во все остальные королевства мира. И благородные союзники исполнили древние клятвы и договоры. Враги, как старые, так и новые, отложили былые распри и встали плечом к плечу. Альянс, какого Эквестрия никогда не видала, будет выкован для отражения угрозы извне. И из-за этих событий на свет появился мрачный, но долгожданный близнец проекта XCOM.