Операция "Обретенная Эквестрия" началась. После того как Искорка нашла свою маму, ничто уже не мешало друзьям отправится в тяжёлое путешествие к заброшенной стране пони. Впрочем скоро выяснилось, что добраться до Эквестрии - плёвое дело по сравнению с тем ворохом проблем которые следует решить, причём немедленно, ибо время работает против наших героев...
Долгое одиночество на луне оставило свой отпечаток на рассудке Принцессы Луны. Ее разум изломан и трескается на части, на каждом углу ее встречают выходцы из ночных кошмаров и галлюцинации. Она пытается, собрав волю в копыто, достичь единственного, как ей кажется, выхода...
Бросок монеты. Ирония судьбы. Твайлайт Спаркл, младшая сестра личного ученика принцессы Селестии Шайнинг Армора, выросла, слушая давние мечты своего брата о вступлении в элиту элит: королевскую гвардию. Теперь, только что окончив Академию, молодая кобылка готова доказать, что она не посрамит подвиги гвардейцев, о которых читала в детстве. Жаль, что принцесса, которую она в конечном итоге защищает, не Селестия.
Эквестрии пришёл конец. Империя Чейнджлингов получила огромные земли, и теперь Юг и Восток некогда великой страны разбит на протектораты, одним из которых стал Протекторат Мэйнхеттен. Но сопротивление продолжает вести свою деятельность даже по завершению войны, а гарнизоны не справляются с множеством несогласных и вооружённых пони, что делают всё возможное, дабы прогнать захватчиков. Тогда верховное командование протектората решает воплотить в жизнь операцию под кодовым названием "Спалить муравейник"
Вечнодикий Лес вызывает у пони суеверный ужас. Казалось бы, причина ясна – погода меняется сама по себе, растения и животные заботятся о себе сами, да и само место не самое безопасное... Аномалия, но в целом ничего особенного, так? Однако, всё ли так просто? Что, если Вечнодикий Лес имеет более глубокие, древние и важные для судьбы мира корни? Единорог-археолог приезжает в Понивилль, со страшной теорией, гласящей, что Эквестрии угрожает уничтожение.