Два века назад по Эквестрии прокатилась война, уничтожив практически всё огнём мегазаклинаний. Но древние проекты, созданные в охватившей страну научно-технической гонке, не исчезли без следа, а остались заморожены после гибели тех, кто ими занимался. И вот - долгое время спустя один из них оказался близок к своему завершению. Во многом благодаря тому, что однажды в застой постапокалиптической Эквестрии вторгся пришелец из другого мира. Его цель - найти легендарные Элементы Гармонии, чтобы использовать на благо своей реальности. Проблема в том, что у обитателей Пустоши совершенно иные планы.
Война между пони и зебрами продолжается. Для того, чтобы её закончить, министерства строят отчаянные стратегии — создают магические и технологические творения, существование которых идёт вразрез с природой. Одним из этих творений стал «Инфильтратор» — сверхсекретный проект Министерства Крутости. В его основе лежала разработка супер-шпиона, идеального слияния пони и машины. Но после первого успешно созданного агента на Эквестрию упали бомбы и превратили её в Пустошь. Сто девяносто лет спустя Кристалл Эклер пробуждается в мире коллапса и насилия, совершенно не понимая, что стало с ней и самой Эквестрией. Её замешательство перерастает в ужас, когда она обнаруживает, что перестала быть пони — теперь она кибернетическая зебра. Ей ничего не остаётся, кроме как отправиться на поиски выхода из своего, мягко говоря, затруднительного положения. Сможет ли она принять правду, если отыщет её? Найдёт ли она друзей в мире, где никто никому больше не верит? И что, если те, кто сотворил это с ней, всё ещё живы и где-то там, ждут и мечтают о том, чтобы она послужила их новой, недоброй цели?